Ubuntu 14.04.1 LTSに最初からインストールされていたRemminaというRDP/VNCクライアントソフトが、何故かSSHトンネリングで接続する時に鍵認証を受け付けないので、Remmina公式のレポジトリ*1から開発版をインストールしたところ正常に認証されるようになった。デフォルトのUbuntu公式のレポジトリだとバージョンが古いということもよくあるので、他のレポジトリで公開されていないかググるのもありかも。レポジトリがなくてもdebファイルならあるかも。
*1:sudo apt-add-repository ppa:remmina-ppa-team/remmina-nextで登録する